Nu har arkeologer, med hjälp av avancerade tekniker avslöjat att det faktiskt finns ett komplicerat labyrintsystem mellan fem och åtta meter under jordytan – och de lägger även fram en möjlig förklaring till vad de underjordiska grottorna har använts till.
Den 15 personer stora gruppen bakom upptäckten tror att det underjordiska systemet byggdes för mer än ett årtusende sedan, under ruinstaden Mitla, som på den tiden fungerade som ett religiöst centrum zapotekerna, fram tills aztekerna troligen erövrade området.
Senare använde spanska missionärer ruinerna till att bygga San Pablo-kyrkan på 1400-talet. Och enligt den muntliga traditionen byggdes kyrkans huvudaltare medvetet ovanpå en förseglad ingång till den underjordiska världen.
Vågor avslöjade hemliga passager
I ett samarbete mellan National Autonomous University of Mexico, Mexico's National Institute of History och ARX-projektet skulle en grupp arkeologer, geofysiker och konservatorer testa de lokala myterna – utan att samtidigt skada marken eller den gamla kyrkan.
Därför använde de tre avancerade skanningstekniker och mätningarna av seismiska och elektromagnetiska vågor som rör sig ned genom jordlagren, gjorde det möjligt att avslöja de underjordiska strukturerna och skapa en 3D-modell av de dolda passagerna.
Data från de olika mätinstrument som hade placerats runt den gamla kyrkan de avslöjade att det fanns ett stort hålrum under huvudaltaret, som var förknippat med två utgångar – det vill säga på ett på mellan fem och åtta meter.
Och även om gruppen redan i förväg misstänkte att jorden under kyrkan dolde något var de ändå överraskade av systemets djup och omfång.
"Det krävs mer forskning för att mer exakt avgöra omfattningen av de underjordiska systemen", förklarar grundaren av ARX-projektet Marco Vigato till mediet Livescience.
Både muntlig överföring och gamla dokument från kolonialtiden tyder på att den dåvarande staden Mitla troligen uppfattades som ett slags ingång till "undervärlden".
Det innebär att tunnlarna också kan vara byggda som ett slags port till de dödas land.
"De nyupptäckta kamrarna och tunnlarna stämmer helt överens med zapotekernas gamla tro och begrepp kring undervärlden", förklarar Marco Vigato för Livescience.
Han tror därför också att upptäckten bekräftar sanningshalten i kolonialtidens berättelser, som beskriver omfattande ritualer och ceremonier, som utfördes vid Mitla i underjordiska kamrar för att komma i kontakt med sina avlidna förfäder.